Également diplômé de l’École Polytechnique en 1973, il a été le fondateur et premier président de l’UNIPEF, et est désormais membre de son conseil d’administration. Il fut également secrétaire général de Ponts Alumni jusqu’en 2022, et délégué général de la Fondation des Ponts avant d’en devenir le président.

A sa sortie de l’École des Ponts en 1978, Thierry Duclaux débute sa carrière en tant que chargé du bureau des études économiques et de la recherche pour les affaires urbaines à la direction des routes et de la circulation routière du Ministère de l’Équipement. Il fut en charge notamment de la politique routière en milieu urbain, la stratégie intermodale ainsi que de la programmation de ces investissements.

Passé par le conseil régional d’Île de France – où il fut en charge de la programmation et du suivi de projets majeurs de politique régionale intermodale des déplacements comme l’A86, la Francilienne, ou encore les projets Eole et Metéor – il occupera ensuite de nombreuses fonctions de directions au sein du Ministère de l’Équipement.

Tour à tour en Guadeloupe (à partir de 1989), en Côte d’Or (1993), dans l’Orne (1994), au siège du ministère (1997), ainsi qu’en Haute-Normandie et en Seine-Maritime (2002), il gèrera l’action territoriale : rénovation urbaine et politique locale du logement (il a notamment engagé la reconstruction de 10.000 logements sociaux après le cyclone Hugo), stratégie locale d’aménagement du territoire et aussi gestion des personnels.

En 2005, il est nommé conseiller de Pascal Clément, Garde des Sceaux pour l’accompagner dans la modernisation du dialogue social, la réforme du fonctionnement des TGI et des Prud’hommes, la sécurité des tribunaux, la dynamisation de la gestion des magistrats, ou encore la refonte des filières greffiers et surveillants pénitentiaires.

C’est en 2007 qu’il devient directeur général de Voies navigables de France afin d’y piloter l’opérateur, propriétaire d’un réseau fluvial de 6 700 km et 40 000 Ha, et y relancer la filière fluviale pour atteindre les objectifs de la loi Grenelle. Il est notamment l’artisan du canal Seine-Nord-Europe, long de 106 km.

A partir de 2010, il prend part à la création de l’EPAURIF (Etablissement Public d’Aménagement Universitaire de la Région Ile-de-France) – afin d’accompagner les universités et les établissements d’enseignement supérieur et de recherche franciliens dans la mise en œuvre de leur stratégie immobilière – et en devient le premier directeur général. L’EPAURIF est notamment à l’origine de la réhabilitation de l’Université Dauphine, la reconstruction de l’université Sorbonne Nouvelle place de la Nation, ou encore la nouvelle implantation d’Agro paris Tech sur le plateau de Saclay.